Основными задачами  юридического отдела являются:

1) правовое обеспечение руководства университета по реализации функций Федерального агентства по рыболовству в области образования и науки;

2) защита прав и законных интересов университета во всех судебных, правоохранительных, административных и контролирующих органах, учреждениях и организациях;

3) осуществление договорной и претензионно-исковой работы университета;

4) правовая экспертиза документов;

Юридический отдел выполняет следующие функции:

1) участие в разработке устава, локальных нормативных документов университета, положений, инструкций, приказов, регламентирующих внутреннюю организацию и деятельность университета;

2) разработка проектов различных видов гражданско-правовых и других договоров, их юридическое сопровождение, организация договорной и претензионной работы;

3) представление и защита прав и законных интересов университета в государственных, судебных, и других органах, участие в процессах при рассмотрении дел в судах, контролирующих и правоохранительных органах;

4) проведение анализа состояния правовой работы в университете, результатов рассмотрения судебных и арбитражных дел, разработка предложений по совершению организации и проведению правовой работы, а также участие в реализации этих предложений;

5) обеспечение участия представителей юридического отдела в работе комиссий и других органах университета;

6) осуществление правовой экспертизы проектов документов (положений, инструкций, договоров) разрабатываемых в подразделениях университета, оказание помощи в подготовке претензий, визирование документов;

7) подготовка необходимых документов для внесений изменений в учредительные документы университета;

8) внесение изменений и дополнений в учредительные документы, устав и иные документы университета, своевременная регистрация изменений в уполномоченных государственных органах, постановка на регистрационный учет, внесение соответствующих изменений в государственные реестры и т.п.;

9) получение Свидетельств о внесении изменений в учредительные документы;

10) выдача в установленном порядке заверенных копий учредительных и иных документов (свидетельств, лицензий), оформление, учет и выдача доверенностей;

11) подготовка, оформление и подача исковых заявлений, отзывов, возражений на исковые заявления, предъявляемых университету, после согласования их с начальником АПУ, участие в судебных заседаниях;

12) получение решений, определений судов;

13) подготовка проектов жалоб на решения судов, вынесенных не в пользу университета и подача их в суд;

14) предъявление исполнительных документов к исполнению, контроль их исполнения;

15) разъяснение действующего законодательства РФ, локальных нормативно-правовых актов университета и порядок применения их в работе структурными подразделениями университета;

16) взаимодействие с органами государственной власти и управления, органами местного самоуправления, правоохранительными и контролирующими органами, организациями, гражданами, в пределах полномочий отдела и компетенции работников;

17) участие в работе приемной комиссии университета;

18) подготовка проектов юридических заключений, аналитических справок по правовым вопросам, возникающим в процессе деятельности университета;