Читаемые курсы лекций:

1. Технологическое оборудование пищевых производств
2. Методы научных исследований

Всего опубликовано 366 научных и учебно-методических работ, в том числе 9 монографий, 15 авторских свидетельств и патентов, 31 учебно-методическое издание.

Монографии:

1. Фатыхов Ю.А. Криотехнологии гибродионтов / Ю.А.Фатыхов. – Калининград: КГТУ, 1999. – 116 с.
2. Фатыхов Ю.А. Криопроцессы и оборудование по обработке гидробионтов / Ю.А.Фатыхов. – Калининград: КГТУ, 2000. – 122 с.
3. Фатыхов Ю.А. Криоразделение сырья биологического происхождения / Ю.А.Фатыхов, БюС. Бабакин. – Калининград: КГТУ, 2003. – 266 с.
4. Эрлихман В.Н. Консервирование и переработка пищевых продуктов при отрицательных температурах / В.Н. Эрлихман, Ю.А. Фатыхов. – Калининград: КГТУ, 2004. – 248 с.
5. Рогов И.А. Криосепарация сырья биологического происхождения / И.А.Рогов, Б.С.Бабакин, Ю.А.Фатыхов. – Рязань: Наше время, 2005. – 288 с. (гриф УМО).
6. Фатыхов Ю.А. Экструзионные технологии пищевых производств / Ю.А.Фатыхов, Л.Канопка. – Вильнюс: Техника, 2007. – 88 с.
7. Эрлихман В.Н. Энергосбережение в технологических процессах АПК с использованием теплонасосных установок / В.Н. Эрлихман, Ю.А.Фатыхов, А.Э.Суслов. – Калининград: КГТУ, 2007. – 234 с.
8. Фатыхов Ю.А. Мехатроника в рыборазделочном оборудовании / Ю.А.Фатыхов, О.В.Агеев. – Калининград: КГТУ, 2008. – 279 с.
9. Агеев О.В. Мехатроника в оборудовании для разделывания и филетирования рыбы. Ресурсосберегающее адаптивное управление процессом производства рыбного филе на основе мехатроники / О.В.Агеев, Ю.А.Фатыхов. – LAP LAMBERT: Akademic Publishing Saarbrücken, Deutschland, 2011. – 263 с.